آزمایشگاه‌های دانشکده علوم پایه دانشگاه شاهد با هدف تقویت آموزش عملی، توسعه پژوهش‌های علمی و فراهم‌سازی محیط مناسب برای فعالیت‌های تحقیقاتی دانشجویان و اعضای هیأت علمی ایجاد شده‌اند. این مجموعه شامل آزمایشگاه‌های تخصصی در گروه‌های زیست‌شناسی، فیزیک، علوم کامپیوتر و ریاضی است که با بهره‌گیری از تجهیزات آموزشی و تحقیقاتی پیشرفته، نقش مهمی در ارتقای کیفیت آموزش و پژوهش ایفا می‌کنند.

این آزمایشگاه‌ها علاوه بر پشتیبانی از دروس عملی، زمینه انجام پروژه‌های پژوهشی و پایان‌نامه‌های تحصیلات تکمیلی را نیز فراهم می‌آورند.