دانشکده علوم پایه دانشگاه شاهد فعالیت خود را از سال ۱۳۶۹ با هدف تربیت نیروهای متخصص و متعهد مورد نیاز کشور پس از اخذ مجوز از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری آغاز نموده و در حال حاضر در رشته‌های زیر فعالیت می‌نماید:

• ریاضیات و کاربردها در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری
• زیست‌شناسی (سلولی و مولکولی، زیست‌فناوری، فیزیولوژی گیاهی، فیزیولوژی جانوری، میکروبیولوژی و زیست‌فناوری میکروبی) در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری
• فیزیک (ماده چگال) در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری
• علوم کامپیوتر در مقاطع کارشناسی و کارشناسی ارشد